מוזיאון הוותיקן פתוח למבקרים בכל השנה בימי שני עד שבת, משעה 08:00 בבוקר עד 20:00 בערב, כאשר הכניסה האחרונה מתאפשרת בשעה 18:00. בכל יום ראשון האחרון בחודש, המוזיאון פתוח משעה 09:00 בבוקר עד 14:00 בצהריים, עם כניסה אחרונה בשעה 12:30.
להלן שעות הפעילות של מוזיאון הוותיקן בטבלה מסודרת:
| יום ראשון | סגור |
| יום שני | 08:00 - 18:00 |
| יום שלישי | 08:00 - 18:00 |
| יום רביעי | 08:00 - 18:00 |
| יום חמישי | 08:00 - 18:00 |
| יום שישי | 08:00 - 18:00 |
| יום שבת | 08:00 - 18:00 |